El Club Atlas nació de la idea de un grupo de jóvenes mexicanos de alta sociedad tapatía que había practicado el fútbol durante sus años de estudio en Inglaterra. Alguno de estos jóvenes eran los hermanos Alfonso, Juan José "Lico" Cortina (quien bautizó al equipo como ATLAS, pues "nos sentíamos el sostén del mundo"), Pedro "perico", Carlos Fernández del Valle y Federico Collignon, quien a su regreso de Berlín se volvió un jugador famoso con el equipo Rovers de la Cd. De México.

El Club fue fundado el 7 de Agosto de 1916 en San Pedro Tlaquepaque.

Así pues, el Club Atlas se fundó exclusivamente como Club de fútbol.

En 1936, el Atlas gana el campeonato de la Copa Eliminatoria "Jalisco" y es campeón de Primera Fuerza del Fútbol 1936-1937.

En 1943, el equipo ingresa al fútbol profesional.

A partir de mediados de los años cuarenta, el estilo de juego del Atlas fue nombrado "La Academia". Y en 1946 ganaron el Campeonato de Copa venciendo al Atlante 5-4, y se coronaron Campeón de Campeones venciendo 3-2 al Veracruz.

En 1950, el River Plate llega a México y derrota a dos equipos capitalinos dejándolos en ceros (Atlante 6-0 y América 8-0). El 26 de Enero de ese año enfrentan a "Los Académicos del Atlas" que en un partido histórico vencen al equipo argentino 3-2.

El año 1951 es quizá uno de los años más significativos del Atlas, ya que en la temporada 1950-51, se proclamaron Campeones de Liga y Campeón de Campeones, siendo hasta ahora su única temporada ganadora de títulos.

Tras haber descendido, el Atlas se proclama campeón de Liga en la Segunda División durante la temporada 1954-55

En el año 1956, Atlas funda la Primera Escuela de Fútbol organizada en México, una idea impulsada por el canónigo Don José Ruiz Medrano y el Sr. Alberto Alvo.

El cuarto título de Campeón de Campeones, venciendo al Guadalajara 2-0 y el tercer título de Campeón de Copa lo gano Atlas en 1963, con un equipo formado por juveniles apoyados con refuerzos brasileños. Ese mismo año, los rojinegros conquistaron la Copa México venciendo al Tampico por mínima diferencia.

El año 1966, los rojinegros del Atlas fueron Subcampeones de Liga, que fue representado por un cuadro juvenil y totalmente mexicano. Los jugadores eran surgidos de la Escuela de Fútbol que años atrás había fundado el Atlas.

El 27 de diciembre de 1959, un par de fechas antes de concluir el torneo, el Guadalajara aseguro el título con un triunfo ante el Necaxa por 3-2. Los anotadores Chivas fueron Héctor Hernández, Sabás Ponce, y "Chololo" Díaz

Al año siguiente, el Atlas se corona campeón de la Copa México, venciendo al Veracruz 2-1.

La tercera vez que el club Atlas descendió a la Segunda División fue en la temporada 1977-78. El club atravesó años difíciles desde mediados de los años 70 hasta finales de los 80.

A principios de los años 80, el equipo es rescatado por una promotora de 15 directivos.

La promotora Deportiva A.C., estaba integrada por: José Alberto de la Torre Bouvet, Felipe Martín del Campo Fernández, Arq. Francisco Ibarra García de Quevedo, Lic. Enrique Ramos Flores, Ing. Salvador Ibarra Álvarez del Castillo, Sr. Alejandro Vázquez Macías, Ing. Arturo Altamirano Shehab, Lic. Samuel Alvo Shemaría, Ing. Alfonso Alcaraz Araiza, Ing. Ricardo Solórzano Villaseñor, Ing. Javier Pulido Valdivia, Sr. Juan Gómez González, Ing. Roberto Vergara Camarena, Don Felipe Fregoso Solersi y José Luís Velásquez Villaseñor.

Posteriormente el Atlas como club recupera al equipo que era manejado por la promotora, y a mediados de los 80`s compra los terrenos de Atlas Chapalita y Atlas Colomos, por lo que el equipo comienza a tener una nueva sede.

En el año 1992 se incorpora el técnico argentino Marcelo "Loco" Bielsa, para iniciar el trabajo de Fuerzas Básicas con los Rojinegros que años después rendiría frutos.

Durante el Invierno 1997 se incorpora el técnico argentino Ricardo La Volpe, quien vino a modificar la fisonomía del Atlas con una nueva actitud consiguiendo que el equipo trascendiera.

Y en el verano de 1999 Atlas vuelve a jugar una final del Campeonato de Liga, está vez contra el Toluca obteniendo el subcampeonato.

Ese mismo año, Atlas llega a Cuartos de Final de la Copa Libertadores.

A pesar de contar con un sólo campeonato de Liga, el club Atlas se ha caracterizado por ser uno de los clubes en practicar el fútbol más vistoso en México.

Son ampliamente conocidos como una de las mejores escuelas de Fuerzas Básicas del país, formando jugadores como: Rafael Márquez, Oswaldo Sánchez, Pável Pardo, Jared Borgetti, José de Jesús Corona, Mario Méndez, Andrés Guardado etc.

El Atlas junto a sus archirivales, las Chivas del Guadalajara se han convertido en los 2 más importantes representantes del fútbol del occidente de la República, rivalidad que nació en 1917, durante la celebración del Torneo Manuel M. Dieguez donde golearon 17-0 a su rival.

Son popularmente conocidos como "Zorros del Atlas", "Los Rojinegros", su afición es conocida como La Fiel, y su hinchada conocida como la Barra 51

El 10 de Julio del 2007, el equipo "La Coruña" de España compra a Andrés Guardado por una cifra récord en el fútbol mexicano de siete millones de euros, confirmó el presidente del Club Atlas, Fernando Acosta.

El equipo rojinegro ha calificado por segunda ocasión a la Copa Libertadores de América, organizada por la CONMEBOL. Su primera participación fue en el año 2000, después de haber obtenido el primer lugar en el torneo pre-libertadores. El Atlas comenzó el sueño libertador con una derrota ante América por 2-0 en el Estadio Azteca el 29 de septiembre de 1999. Posteriormente lograron un empate a 2 goles con el Deportivo Tachira de Venezuela en la ciudad de San Cristóbal. También obtuvieron otro empate ante el Deportivo Italchacao en Caracas, Venezuela a 3 tantos. Ya en casa, en el Estadio Jalisco, derrotaron 6-3 al América, posteriormentese impusieron al Táchira 3 a 0 y cerraron el 18 de noviembre empatando a 2 en casa ante el Italchacao.

El Atlas completa el Grupo 3 de la Copa Libertadores 2008 donde enfrentará a Boca Juniors de Argentina, Colo Colo de Chile y Maracaibo de Venezuela.

Sitio Web: http://www.atlas.com.mx/