El equipo de Futbol Tecos de la Universidad Autónoma de Guadalajara ingresó en el ámbito profesional gracias a la inquietud de jóvenes estudiantes, encabezados por el entonces universitario Antonio Leaño Reyes, quien con su entusiasmo y el apoyo de algunos compañeros, infundió sus metas a las autoridades universitarias, las cuales lo apoyaron decididamente en esta ambición fuertemente anhelada, la que pudo verse hecha realidad a mediados del año 1971.

Debutó en la liga de futbol profesional de la Tercera División en la temporada 1971-1972 con una selección de estudiantes de las escuelas y facultades de Comercio, Ingeniería, Derecho y Medicina de la Universidad Autónoma de Guadalajara.

Una vez que se estrenaron en la Primera División, los Tecos mantuvieron casi el mismo cuadro aunque la directiva, presidida en aquel entonces por el Ing. Juan José Leaño Álvarez del Castillo, comisionó al Tesorero Lic. Antonio Leaño Reyes, a viajar a Sudamérica a buscar elementos tanto de experiencia como de valía para que se integraran al equipo. Se visitaron Paraguay, Uruguay, Argentina y finalmente Chile, país en donde se encontraron a los elementos adecuados para fortalecer al plantel con los seleccionados nacionales Sergio Ahumada y Miguel Ángel Gamboa, además de Francisco Las Heras y Mario Oscar Maldonado.

La temporada de oro por fin se dio cita. Es la 1993-1994, cuando llega Víctor Manuel Vucetich a darle seguimiento al trabajo realizado durante tanto tiempo. El técnico, junto con jugadores se encontraba en la cima, en su mejor momento y con todo a favor, consiguiendo el campeonato frente a Santos.

Para la campaña 1995-1996, último torneo largo, llega Jesús Bracamontes como timonel de la escuadra, quien le da seguimiento a jóvenes promesas de Tecos, aunque unas jornadas antes de finalizar el campeonato lo releva el peruano Julio César Uribe. No se logra clasificar a la liguilla.

Para el siguiente torneo corto, el de Invierno ‘98, y teniendo de nueva cuenta a Vucetich como entrenador, llegan refuerzos como Pavel Pardo y Guillermo Hernández, Vucetich es relevado en la jornada 3 de la competencia. Su lugar es ocupado por el novel Jorge Martínez Sandoval, quien realiza una estupenda campaña, logrando clasificar al equipo en forma directa. Se pierde en cuartos de final ante Necaxa.

Llega el Invierno 2000 y parte de la pretemporada es la Copa Universidades de América, organizada por la Institución para celebrar el XXX Aniversario de fundación del Club, estrenándose el argentino Rubén Omar Romano como director técnico.

En la Apertura 2003, se inicia el torneo con serios problemas en la tabla de cocientes, por lo cual la directiva universitaria decide contratar al uruguayo Eduardo Acevedo como director técnico, quien solicita refuerzos, poco conocidos en México pero de toda su confianza.

A pesar del esfuerzo, Tecos no logra los resultados óptimos, se termina la Apertura 2004 en último sitio de la tabla general.

Buscando la permanencia en la Primera División, la directiva de Tecos y su nuevo entrenador Daniel Guzmán, no escatima en reforzar al equipo, y debido a que solo podían hacerse tres cambios, llegan al equipo Carlos María Morales, delantero uruguayo proveniente del Atlas; Diego Daniel Colotto, defensa central argentino, y Daniel Emmanuel Ludueña medio argentino proveniente del River Plate.

Resultó un excelente torneo, haciéndose presentes en los primeros cuatro lugares de la tabla general en cada jornada, obteniendo muy buenos resultados, y lo más importante jugando un buen fútbol, vistoso, elegante y ordenado, con el sello particular de Daniel Guzmán.

El primer objetivo, salvarse del descenso, fue logrado en la jornada 14, y para la siguiente ya estaban clasificados a la Liguilla por el título.

En ese mismo Torneo Tecos llegó a la final, enfrentando al América, donde este último terminó por coronarse Campeón del Torneo Clausura 2005.

En el Torneo Apertura 2007 y de la mano del Técnico argentino Darío Franco se hicieron contrataciones como las de Héctor Altamirano, Hernán Encina, Juan Ignacio González y Bernardo Sainz. Para el Clausura 2008 las contrataciones fueron Rafael Márquez Lugo, Alonso Sandoval y Juan Carlos Valenzuela, Marcelo Sosa y Sebastián González.

En el Torneo Apertura 2008 José Luis Trejo es nombrado entrenador de los Tecos de la Universidad Autónoma de Guadalajara , sustituyendo a Jaime Ordiales, que a su vez había ocupado el lugar del argentino César Luis Menotti, quien renunció pocos días antes de comenzar la competición